De acordo com o Departamento de Conservação Ambiental do estado, a qualidade da água em grande parte do Lago Cayuga é boa e atende aos padrões de consumo e uso recreativo. A exceção, entretanto, é a parte rasa ao sul do lago.
Possui cargas de sedimentos e nutrientes, incluindo fósforo, de várias fontes que resultam no crescimento de ervas daninhas e algas. O DEC informou que os atuais padrões de qualidade da água para o uso do abastecimento de água do lago estão sendo atendidos, mas esse uso é considerado ameaçado.
O lago e a bacia hidrográfica têm sido foco de monitoramento e estudo contínuos por vários grupos, incluindo o Finger Lakes Institute e o Community Science Institute.
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